El derecho administrativo chileno ha enfrentado en los últimos meses uno de sus mayores desafíos éticos y jurídicos debido al escándalo masivo por el uso indebido de licencias médicas. Informes emanados de la Contraloría General de la República detectaron que miles de funcionarios públicos, mientras se encontraban bajo reposo médico prescrito, realizaron viajes al extranjero o asistieron a casinos de juego. Esta situación desencadenó la apertura de más de 9.000 sumarios administrativos, con un foco especial en el sector salud, donde la "infracción al principio de probidad administrativa" se ha convertido en la causal predilecta para decretar la destitución de los implicados.

La controversia jurídica radica en determinar si la administración tiene competencia para sancionar el incumplimiento del reposo médico, considerando que el organismo técnico para fiscalizar la validez de una licencia es la COMPIN. No obstante, la tendencia jurisprudencial de la Corte Suprema y los dictámenes de la Contraloría sostienen que la investigación administrativa no juzga la patología médica, sino la conducta del funcionario que, al realizar actividades incompatibles con su recuperación, defrauda la fe pública y el patrimonio del Estado. A pesar de esto, las Cortes de Apelaciones han comenzado a aplicar un criterio de proporcionalidad más estricto. En septiembre de 2025, la Corte de Arica acogió un recurso de protección en favor de una auxiliar de JUNJI destituida por viajar a Perú durante su licencia, tras acreditarse que dichos viajes tenían fines estrictamente médicos y económicos, calificando la sanción de expulsión como arbitraria y desproporcionada.

Por otro lado, la causal de "salud incompatible" también ha sido fuente de litigio. El jefe superior de un servicio puede declarar la vacancia del cargo si un funcionario ha hecho uso de licencia médica por más de seis meses en los últimos dos años, sin que medie declaración de invalidez. No obstante, fallos recientes han ordenado la reincorporación de funcionarios cuando el informe de la COMPIN califica la salud como "recuperable", estableciendo que la sola acumulación de días de licencia no es un motivo automático de cesación si existe esperanza real de retorno a las funciones.

Es imperativo que los procesos disciplinarios respeten el debido proceso y la debida diligencia. La Corte de Santiago ha enfatizado que el recurso de protección, si bien no es la vía ordinaria para revisar el mérito de un sumario, sí es idóneo para examinar la razonabilidad de los actos administrativos cuando afectan derechos constitucionales. La falta de una evaluación individualizada de la gravedad de la falta y la omisión de los antecedentes aportados por el funcionario pueden viciar de nulidad la resolución sancionatoria, obligando a la autoridad a dictar un nuevo acto administrativo que sea cónsono con los hechos acreditados.